رویکرد مولوی در تفسیر بسیاری از آیات مثنوی رویکردی باطنی است، نه‌تنها او، خود در مقدمه‌ی دفتر اول، مثنوی را «کشاف قرآن» نامید، بلکه قرائن نشان می‌دهد که او به کشف معنی باطنی آیات بر وفق روش تفسیر عرفانی علاقه‌مند و از آن متأثر بوده است. افلاکی گزارش می‌دهد که حقایق التفسیر ابوعبدالرحمن سلمی که نمونۀ برجسته این نوع تفسیر به شمار می‌رود مورد تکریم مولانا بوده است. با این همه، در شروحی که بر مثنوی نوشته شده است و مجموعا، در حوزه‌ب مولاناپژوهی به این گرایش تفسیری مولانا کمتر توجه شده است. به‌درستی دانسته نیست که مولوی چطور و تا چه اندازه از تفسیرهای عرفانی معروف در توضیح نکات دقیق عرفانی و قرآنی سود جسته است. علاقه‌ی مولوی به این روش تفسیری به اندازه‌ای بوده که به گزارش افلاکی، یک بار جبه‌ی خود را به کاتبی که یک نسخه‌ی حقایق‌التفسیر را به او هدیه کرده بود بخشید. بااینکه شارحان مثنوی به اهمیت نقل و تفسیر آیات قرآن در مثنوی همواره تأکید کرده‌اند و آثار متعددی دراین‌باره نگاشته شده، اما از توجه به تفسیرهای عرفانی در شرح مثنوی غافل مانده‌اند. دلیل این امر این است که مولوی در نقل قول یا نقل مضمون از تفسیرهای عرفانی همچون حقایق‌التفسیر سلمی، تفسیرالقرآن تستری، لطایف‌الاشارات قشیری، یا کشف‌الاسرار میبدی لزوما متن آیه‌ی قرآن را نیاورده و گاه حتی اشاره‌ای هم به آن نکرده است و فقط بر اثر آشنایی قبلی و مطالعه‌ی مستمر می‌توان به اقتباس‌ها پی برد و این کار نیازمند وقت بسیار است. مولوی با نبوغ بی‌نظیر خود به جریان زلال تفسیرهای عرفانی پیوست و در بیان رموز و دقایق عرفانی و سلوک معنوی از دستاوردهای این زبان بارور بهره‌ها برد و به‌نوبه‌ی خود تاثیری شگرف بر آن گذارد تا در آثار وی جایگاهی جاودانه بیابد.
