آن چه جالب و در خور تأمل میباشد، این است که شیخ مجتبی قزوینی می کوشید علاوه بر تدریس شاگردان را متوجه اخلاق و فضیلت بنماید و اصولاً محضرشان سرشار از آموزه هایی در این عرصه بود. اخلاق رفتار و کردارش اثرات شگرفی بر حالات شاگردان می گذاشت. چگونگی ،نشستن ،برخاستن کلام، سکوت، جوابگویی به اشکالات و مجموعه ی برخوردهای ایشان تربیت کننده بود. ایشان همواره دو زانو مینشست به دیوار تکیه نمی داد همواره ساکت بود؛ مگر هنگام درس یا سؤال و گفت وگویی مفید در بحث ها و پاسخ به اشکالات وقتی مباحث به جدال کشیده میشد ترجیح میداد خاموش باشد. آنگاه به روش منطقی و عقلانی باز میگشت و بحث را با این شیوه پی میگرفت برای مبتدی ترین شاگردان اظهار فروتنی میکرد و چون طلبه ای وارد مدرس می.گردید. به احترام وی از جای برمی خاست. در هنگام تدریس خود را گرفتار رسوم متداول و حاکم بر فضای تدریس نمیکرد و از سلسله مراتب پیروی نمیکرد با اینکه درس خارج حکمت شفا و اسفار درس می می داد اگر در مواردی احساس وظیفه میکرد و یا نوآموزی را میخواست جذب درست و بحث کند، حتى صرف میر و سیوطی را تدریس مینمود به صورتی پدروار و با رفتاری آمیخته به محبت و رأفت به احوال طلاب رسیدگی میکرد گاه از نیازهای خود صرف نظر میکرد و به شاگردانی که با تنگناهای مالی روبه رو بودند کمک میکرد؛ اما مراقب بود شخصیت و عزت آنان مورد خدشه قرار نگیرد طلبه های سادات را بیش از دیگران تکریم می نمود. او که خود نمونه ای مجتم از تقوا و وارستگی بود و اعراض از مال و منال جاه و مقام و شهرت مخالفت با هوای نفس در رفتار و کردارش دیده میشد برای هر کسی که میخواست در این طریق گام بگذارد، اسوه ای گران قدر و تأثیرگذار به شمار می رفت در تذکرات خود به منظور تزکیه و تصفیه ی افراد، از بحث یاد مرگ شروع میکرد و میگفت: اگر کسی بخواهد طبق آن چه در مباحث و مبانی اخلاق مطرح است جلو برود عمر نوح لازم دارد. به عنوان مثال این صفت چنین مزایایی دارد و آثار آن خصال، این عوارض دارد؛ ولی چنان چه به موضوع انتقال از دنیا به سرای باقی توجه گردد، به یک باره نادرستی صفات را درک میکند و کم کم آنها را از خود دور می کند. به حاج شیخ مجتبی خبر دادند یکی از طلاب فاضل به شهرستان فردوس تبعید گردیده است ایشان شبانه با صاحب منزل و میزبان خودشان در این دیار تماس میگیرد و به وی توصیه میکند صبح روز بعد برو و از آن طلبه تبعیدی احوال پرسی کن و او را در منزل خود مورد پذیرایی قرار دهد.